GitHubで、DarkMatterCore氏がSwitchのカートリッジをXCI形式でダンプしたりパーティションを指定してダンプする事が可能な
gcdumptool v1.0.3 をリリースしていました。
・未使用領域を0xFFで埋めXCIをカートリッジと同じサイズにする機能をオンオフ可能に
・XCIのCRC32を計算するように
が変更点です。
GBAtempのスレによると、こちらのHomebrewはFW4.0.0以上であればCard2のダンプが可能との事です。
https://gbatemp.net/threads/gcdumptool-yet-another-nintendo-switch-game-card-dump-tool.508343/
残念ながら私はCard2のカートリッジを持っていないので試せません